Los primeros habitantes de esta región, al igual que en el actual municipio de Tolimán, fueron los pames, que debieron llegar en el siglo XIII. A finales del siglo XVI. grupos de indígenas jonaces se establecieron en la región, rechazando la forma de vida sedentaria que pretendían imponerles los conquistadores españoles. Se convirtieron así en el grupo más difícil de someter.
En 1748 se fundó el presidio de Sta. Ma. Peñamiller, que tendría por objeto controlar los residuos de las rebeliones chichimecas, quedando a su cargo don José de Escandón. Fue él quien le dió el nombre de "Peñamillera", por la semejanza que guarda con otro cerro existente en la provincia de Oviedo, España denominado "La Pica Peñamillera".
La nueva población se formó con 37 familias de la guarnición celebrándose con una solemne misa. Don José Mejía fué nombrado misionero máximo de la población. quien facultado por Escandón, designó el lugar para la subprefectura y guarnición. Iglesia. Cementerio, convento y huerta e hizo la repartición de tierras.
En 1941 siendo Gobernador del Estado el C. Noradino Rubio, se le concedió la categoría de Municipio.
El municipio de Peñamiller, se localiza geográficamente al norte del estado de Querétaro y se le ha definido como la puerta de la Sierra Gorda. Al norte colinda con el estado de Guanajuato, al sur con los municipios de Toliman y Cadereyta, al este los municipios de Pinal de Amoles y San Joaquín, y al oeste con el estado de Guanajuato. Se encuentra a una altura de 1320 msnm. Ubicado dentro de las coordenadas geográficas, entre los paralelos 20° 56' y 21° 14' de latitud norte y 99° 42' y 100° 02' de longitud oeste del meridiano de Greenwich.
El Municipio, cuenta con una superficie de 795 km2, la cual representa el 6.9 % del total del Estado y ocupa el cuarto lugar en extensión después de Cadereyta, Jalpan y Landa de Matamoros.
En cuanto a hidrografía se refiere, el río más importante es el Extoraz, que cruza totalmente el Estado y capta las aguas pluviales de más de 3784 km2 y son afluentes de éste, los ríos de Tolimán y Xichú, con un escurrimiento disponible de 1,103.5 millones de m3.
La mayoría de los habitantes del Municipio, se han establecido en lugares en donde pueden dotarse de agua potable para el consumo humano y para ello, se han habilitado más de 200 manantiales que satisfacen parte de las necesidades de la población.
Las elevaciones más importantes son: El Cerro de la Calentura a 3,036 m.s.n.m., La Mesa de Salinas a 2,460 m.s.n.m., El Campanario a 2,120 m.s.n.m., La Tembladera a 2,080 m.s.n.m., El Piloncito a 1,980 m.s.n.m., El Cerro de Dios a 1,900 m.s.n.m. y El Picacho a 1,680 m.s.n.m..
Se observan en el Municipio tres relieves: la parte baja, entre alturas de 1,200 a 1,400 m.s.n.m., en las vegas que se extienden a lo largo del Río Extoraz, además, de los arroyos de Boquillas, Encinos, Mentiras e Higueras que fluyen precisamente a este río.
A este nivel prevalece el clima seco, semicálido con temperaturas que oscilan entre 2° C. hasta 35° C. y con una temperatura media de 22° C.; la precipitación pluvial es de 300 a 400 milímetros anuales que definen condiciones desérticas perfectamente observables al margen de las corrientes mencionadas, los inviernos son bien definidos y las heladas se presentan cada 10 años.
La parte media se encuentra ubicada entre los 1,500 y los 1,800 m.s.n.m.; es la transición al semidesierto alpino templado.
Las temperaturas extremas son de 30° C. a 40° C. como máximo, con un promedio de 20° C. que determinan un clima templado; los inviernos son bien definidos y la precipitación fluctúa entre 600 y 800 mm. anuales.
La parte alta se encuentra entre los 2,000 y 3,300 m.s.n.m., con temperaturas máximas de 25° C. y mínima de 5° C; el invierno es bien definido y la precipitación anual oscila entre 1,000 y 1,200 mm.
En la parte baja descrita anteriormente, existen suelos de muy buena calidad por ser vegas del río ó de arroyos que frecuentemente son cubiertos por las aguas; de esta manera reciben capas adicionales de sustancias fertilizantes que las corrientes acarreen. En estos suelos se produce maíz, frijol, hortalizas y frutas.
La vegetación del Municipio, está compuesta de matorral crasicaule dominado por cactáceas del semidesierto caracterizado por hojas pequeñas y plantas suculentas como son: vara de cohete, vera prieta, une de gato, palo prieto, olivo, azafrancillo, escobillo, manto de coyote, tullidora sotol, mala mujer, chiquiña, sangre de grado, lechuguilla, guapilla, guajillo, granjeno, junquillo, orégano, damiana, gobernadora; arbustos grandes como: mezquite, pirúl, palo bobo, huizache y palo shishote, generalmente mezclado con nopal, garambullo, biznaga, maguey, cardón con predominio de candelabros.
El exceso de pastoreo de caprinos en ocasiones ha propiciado que la vegetación haya cambiado por un paraje semidesértico con arbustos espinosos, cactáceas, como tipo estables; la región entre Higuerillas, Peña Blanca, Vizarrón y la Tinaja, se encuentra la zona mas desértica del estado de Querétaro.
Aunque en la actualidad la vegetación natural he sido reemplazada por cultivos anuales o perenes, en las partes altas, se den los arboles como: encinos, pino, enebro, cedro blanco, madroño, tepozán, nogalillo y piñón, pudiendo abundar epífitas de tipo heno y orquídeas. En las margenes de los ríos, predominan árboles como el nogal, el ahilé, el capulín; cuando el terreno pierde altura sobre el nivel del mar, los pinos ceden lugar a los encinos y enebros y éstos a su vez más abajo son sustituidos por chaparral espinoso y mezquites sobre todo en la región semidesértica.
Debido a la escasez de vegetación y a las pocas lluvias, la fauna en el Municipio es solamente la que se adapta al semidesierto. Entre los animales silvestres objetos de cacería que todavía se encuentran dentro de los limites del Municipio, se pueden señalar varias especies de paloma, huilota, tórtola, codorniz y diferentes familias de mamíferos como: conejo, liebre, varias especies de ardilla, zorrillo, comadreja, cacomixtle, mapache, tejón, coyote, zorra y también reptiles, encontrándose víboras de cascabel y coralillo entre las más venenosas, diversos tipos de lagartija y en Higueras y Río Blanco peces como trucha arco iris, tilapia y bagre.
En Río Blanco y Mesa del Troje, todavía se puede encontrar venado cola blanca protegido por los campesinos del lugar.
La cabecera municipal, se encuentra a 127 kms de la capital del Estado vía Bernal y 144 kms, vía Cadereyta por la carretera federal No.120 San Juan del Río- Xilitla en buenas condiciones.
La conexión entre las diferentes localidades del Municipio se da a través de 71 Km de carretera pavimentada y 289 kms de caminos de terracería y brechas de saca, a las cuales les hace falta mantenimiento, obras de drenaje y ampliación de las partes reducidas que no cumplen con las especificaciones requeridas. Con ello se hace posible la comunicación en todo el Municipio; a excepción de las comunidades del Carrizal, la Tinaja, Canoas, Paraíso y el Cantoncito.
El transporte público al interior del Municipio se da a través de líneas de autotransportes Queretanos Flecha Azul, con 11 unidades que dan servicio diario a la ciudad de Querétaro con destinos a Peñamiller, el Guamuchil, Atarjea, San Miguel Palmas y los fines de semana a Molinitos, el Saucito y las Mesas; autotransportes Flecha Blanca, tiene servicio diario a las ciudades de Querétaro y México y autotransportes Flecha Verde, que da servicio de San Miguel Palmas a Querétaro vía San José Iturbide.
El servicio de telefonía rural, se da a través de casetas en las comunidades que cuentan con mas de 500 habitantes como son: Villa Emiliano Zapata, San Juanico, La Plazuela, Camargo, Los Encinos, Agua Fría, San Miguel de Palmas, Agua Caliente y en Peñamiller, se da el servicio semiautomático y pr6ximamente se automatizará este servicio.
Río Blanco, Templo de San Miguel, situado a 56 Km de la cabecera municipal, que fue fundado en 1691, y la torre fue construida posteriormente en 1882, por un grupo de mineros españoles atraídos por la riqueza de sus yacimientos de oro, plata y mercurio, se asentaron en ese lugar y aprovechando la cantidad de agua del manantial construyeron obras para generar electricidad y que a su vez servia para fundir la plata, el plomo, el zinc, además, con el molino giratorio de madera rústica que aun lo trabaja esporádicamente, don Gregorio Aguilar Vargas. De su estructura arquitectónica se aprecia la fachada con arco en el acceso, ventana coral, torre de dos cuerpos en el lado izquierdo y dos arcos. Su interior es de una nave con sencillo altar, coro y cuatro imágenes similares de la guadalupana, labradas en la bóveda. Se localiza en la plaza principal de Río Blanco.
Además, se cuenta con pinturas rupestres, cuisillos, preciosos manantiales de agua cristalina y una cascada en el manantial "Agua Negra", los restos de obras hidráulicas que utilizaron los mineros, su templo del siglo XIX, y que es además ideal para acampar en el lugar conocido como el sombrerete donde además se cuenta con venado cola blanca protegido por los habitantes de la región. Se propone la rehabilitación de las bocaminas.
La misión de San Miguel de Palmas, situada a 29 Km de la cabecera municipal, es un lugar enclavado en las riveras del río Xichú-Extoraz fundada por frailes dominicos, el 13 de abril de 1691; es como un oasis rodeado de cactus candelabros de hasta 8 mts de altura. Se trata de un pintoresco pueblito entre grandes nogales algunos con mas de 200 años, orgullo de la comunidad que realiza la feria de la nuez en honor al santo patrono San Miguel Arcángel los días 28, 29 y 30 de septiembre. Su arquitectura consta de fachada, donde se observan las esculturas de Ntra. Sra. Del rosario, Sto. Domingo y San Francisco de Asís, en torno a la ventana coral, y en la parte superior, la del Patrono San Miguel; torre de dos cuerpos en el lado izquierdo y torre del reloj en el derecho, cuya construcción es reciente. Su interior es de plante de cruz latina, sacristía, coro, altares y menaje. .
A orillas del poblado, existe un acueducto edificado en 1761 que se utiliza para canalizar agua a las zonas de riego; esta avanzada obra hidráulica ha servido por casi 240 años. Además, se está pavimentando la carretera a Peñamiller para hacer más eficiente la comunicación del Golfo al Pacifico cruzando por el Municipio.
Peñamiller, la cabecera municipal situada a 127 kms de la ciudad de Querétaro; es un pueblito con 1,086 habitantes, que se localiza en las riberas del río Extoraz. Es famoso por sus huertas de nogal, su Templo de Sta. María de la Asunción construido en la segunda mitad del siglo XIX, en 1918 el Pbro. Ignacio Martínez promovió su reedificación y decorado. En 1920 fue bendecido por la diócesis de Querétaro y en 1937 nombrado vicaría, su antiguo palacio municipal terminado de construir el 3 de junio de 1885 por el subprefecto. J. Dolores Godoy dependiente de la presidencia municipal de Tolimán.
Es el Picacho el que da origen a nombre de Peñamiller y que invita a escalarlo, su feria esta dedicada a la virgen de la Asunción los días 14,15,16 y 17 de agosto y se celebra desde el año de 1882. Y que orgullosamente este diciembre de 1998 celebra el 250 aniversario de su fundación (14 de diciembre de 1748), mismo que fué festejado con toda solemnidad, donde contamos con la participación de las dependencias estatales, autoridades municipales, educativas, eclesiásticas y con los pueblos de Pica Peñamillera, España (de donde era originario Don José de Escandón) y Santa María Peñamiller, con la participación de la sociedad. Se hizo una celebración con juegos pirotécnicos, eventos deportivos, culturales, recreativos y artísticos.
Situado a 20 kms. de la cabecera municipal, se encuentra la comunidad de Boquillas, donde se niega a desaparecer el viejo casco de la que fuera la próspera hacienda ganadera, los vestigios son mudos testigos del esplendor que alcanzara en el siglo pasado y primer tercio de este siglo.
Villa Emiliano Zapata es una villa en las márgenes del río Extoraz que se localiza a 13 kms. de la cabecera municipal. Ahí, se dio un movimiento agrario comandado por Don Genaro Hernández, que culminó con el reparto de tierras hacia 1930. La villa, tiene sus calles trazadas en torno al viejo casco de la hacienda. Celebra sus festividades el 3 de junio y 20 de noviembre en donde también se lleva acabo el concurso regional de la nuez pecanera nativa criolla, se arropan estos festejos con juegos deportivos, jaripeos, coronación de la reina de las fiestas, así como el baile amenizado por grupos de notable prestigio, la realización de un acto agrario en memoria de don Genaro Hernández, en donde se dan cita todas las autoridades ejidales del Municipio, así como, representantes de las organizaciones del Estado.
La localidad de El Paraíso, se encuentra a 27 Km de Peñamiller y 1250 msnm. En este lugar, existe un cañón de aproximadamente 300 mts de longitud, por 10 mts de ancho y más de 100 mts de alto, por donde fluyen las aguas del río Extoraz, cabe la pena destacar que el talud es de mármol negro, en el que se han formado cuevas de formas caprichosas, también, se han encontrado vestigios de asentamientos prehispanicos. Se propone que en este lugar se construyan represas para elevar el nivel del agua con fines de hacerlo navegable y organizar paseos en lancha y practicar la pesca deportiva.
Balneario el Oasis, situado en las margenes del arroyo de Higuerillas a 24 kms de la cabecera municipal, en donde la tranquilidad del lugar lo absorberá del bullicio de la ciudad, en la cual podrá disfrutar de sus cristalinas aguas y saborear pescado frito del estanque a su paladar, este lugar esta rodeado de altas montañas que invitan a escalarlas, a los más intrépidos aventureros
Las pinturas rupestres del sol y la luna, localizadas a 28 Km de la cabecera municipal, así como, el cerro de la Ventanita en los limites del municipio de Peñamiller con el de Cadereyta, en las margenes del río Extoraz.
La comunidad del Puerto del Cobre, se localiza a 23 kms de la cabecera municipal, cercana a este lugar se encuentran pinturas rupestres, en el lugar conocido como Gropius.
Agua Fría se localiza a 25 kms. por camino de terracería de la cabecera municipal y el atractivo, es la cantidad de piedras encimadas de tipo basáltico y que están colocadas en un punto de equilibrio, que al quitar una se vienen por tierra las demás, en la cual al golpearlas emite un sonido como de campana, por lo que se tiene duda de donde proceden estas enormes rocas ya que no existen mas en varios kilómetros a la redonda.
Camargo, fundado en 1875, cuando se construyó el camino de terracería que comunicaría a Querétaro con Tampico; se localiza en el Km 118 de la carretera San Juan del Río-Xilitla. Esta población tuvo su auge minero en la década de los 60 se explotaron minas de mercurio, que le dieron esplendor económico a los habitantes de esta región.
Maguey Verde, localizado en el Km.126 de la carretera federal 120 y a 38 Km de la cabecera municipal, este lugar tuvo su auge minero, ya que cercano a este lugar, se explotaron las minas de antimonio en la década de los 50 y posteriormente en la década de los 60 se explotaron mas de 50 minas de mercurio. Además, se tienen cavernas donde hay estalagmitas y estalactitas a las cuales les falta promoción adecuada.
La Plazuela, se localiza a 25 kms. de la cabecera municipal de Peñamiller y a 4 kms. de la carretera federal 120 San Juan del Río- Xilitla Km 109, en este lugar se han encontrado cuisillos donde seguramente se asentaron grupos prehispanicos en las riberas de arroyo, también este pueblo tuvo su auge minero con la explotación de minas de mercurio en la década de los 60 ya que en su mejor época llegaron a extraer hasta 14 toneladas de mercurio por semana.
En la comunidad del Sauz, se han encontrado restos humanos en lo que podrían ser asentamientos prehispanicos.
La artesanía predominante del municipio de Peñamiller son los guingaros, son un práctico utensilio de trabajo que los lugareños usan para las faenas del campo, se utiliza el muelle de carro al rojo vivo para después darle forma con tajadera y martillo; se lima, introduce en sebo, se calienta por segunda vez, se templa con gotas de agua y finalmente, se afila con esmeril. También se fabrica cestería en la cual se utiliza la vara de sauz, jara y sangre de grado de la región, estos productos pueden encontrarse ya sea en Tequisquiapan o en Querétaro. Los ayates de ixtle se fabrican predominantemente en las comunidades de Mesas y Agua de Pedro, también llamados “guangoches”, están hechos con ixtle de henequén, mismo que traen de Villa Progreso en Ezequiel Montes. Hilan el ixtle y tejen en telar de cintura los lienzos del guangoche, cuyo uso principal es para cargar el producto de la cosecha.
En San Miguel de Palmas, algunas preservan la tradición de elaborar huaraches con piel y hule de cámara de llanta, que traen de León, Gto. , y el Edo. de Hidalgo respectivamente. Los hacen de diversos tamaños, aunque en la actualidad han ido variando los modelos. El huarache original tiene demanda en la sierra para elaborar las labores del campo.
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